Latex (pronuncia-se latéqui), importantíssimo para quem segue a linha de pesquisa, seus textos sobre matemática ficarão mais claros e limpos, bem melhor do que o velho e batido Word(r)...
LaTex - http://www.latex-project.org/
Para simular suas equações e gerar gráficos, existem diversos programas, desde os pagos até os gratúitos, segue alguns:
O poderoso MatLab e seu majestoso SimuLink (a galera que estuda controles de servo-mecanismos sabem muito bem do que estou falando) - http://www.mathworks.com/
Octave (licença GPL, isto é, free) - http://www.gnu.org/software/octave/
Maple, outro excelente software, mas pago - http://www.maplesoft.com/
Existem outros, mas esses são os que eu conheço e posso recomendar...
[ ]´s
Tux...
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